- Sciences, Technologies, Santé
Bioinformatique et bioimagerie structurale (BBS)
Objectifs
Le parcours Bioinformatique et bioimagerie structurale a vocation à former les étudiants à trois aspects de la biologie d’aujourd’hui :
• La science des données biologiques au travers de l'acquisition de compétences en bioinformatique, informatique, bases de données, statistiques et intelligence artificielle ;
• La compréhension des fonctions biologiques à partir des données structurales, de l'échelle atomique à la vision cellulaire à travers un apprentissage des méthodologies d’acquisition et d'analyse de ces données (microscopie optique et cryo-électronique, cristallographie, modélisation et dynamique moléculaire, mesures biophysiques) ;
• L’exploitation des omiques pour la connaissance du vivant avec des applications dans les domaines de la santé (relations génotype/phénotype, génomique personnelle, génomique microbienne), de l’environnement et de l’évolution.
Aménagements pour les publics ayant un profil spécifique
Conformément au RSE validé en CFVU le 25/10/2022 (https://www.unistra.fr/rse), un aménagement d’études particulier peut être prévu dans les cas prévus dans l’annexe 1 des MECC générales 2023-2024 de la Faculté des sciences de la vie.
Présentation et organisation de l’équipe pédagogique
L’équipe pédagogique est composée d’enseignants-chercheurs de la Faculté des Sciences de la Vie, de l’École Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg (ESBS), de l’UFR de Mathématique et d’Informatique et de la Faculté de Pharmacie, tous spécialistes de leurs domaines (bioinformatique, génomique, biologie structurale, imagerie, informatique, sciences des données et intelligence artificielle, statistiques, modélisation et drug design). Elle intègre également des chercheurs et des professionnels de ces domaines. L’équipe est principalement animée par Vincent Cura (responsable M1), Odile Lecompte (responsable M2), Mikhail Eltsov et Anne Friedrich.
Admission
Critères de recrutement
Les candidats devront avoir suivi une formation équivalente à une licence en sciences de la vie. Le recrutement se fera sur dossier pour sélectionner les candidats ayant un niveau suffisant, les prérequis et la motivation nécessaires pour suivre la formation. Un entretien peut être organisé en présentiel ou en distanciel.
Candidater
Les modalités de candidature sont disponibles sur la page dédiée du site de l'Université de Strasbourg.
Droits de scolarité
Les droits de scolarité sont disponibles sur la page dédiée du site de l'Université de Strasbourg.
Prérequis obligatoires
Connaissances et compétences acquises à partir de tout parcours équivalent à la Licence Mention Sciences de la Vie, comportant des UE de niveau avancé en biologie moléculaire et biochimie. Des connaissances de base en statistiques/mathématiques sont attendues. Une maitrise du français et de l'anglais à l'écrit et à l'oral est nécessaire.
Poursuites d'études
Poursuite d'études
Le diplôme de master (Bac+5) peut permettre d'intégrer directement le monde du travail ou de poursuivre ses études par un doctorat en 3 ans.
Insertion
Secteur(s) d'activité
- Industrie pharmaceutique
- Programmation, conseil et autres activités informatiques
- Traitement de données, hébergement et activités connexes ; portails Internet
- Recherche-développement en sciences physiques et naturelles
- Enseignement supérieur et post-secondaire non supérieur
Référentiel ROME
- Recherche en sciences de l'Univers, de la matière et du vivant
- Management et ingénierie études, recherche et développement industriel
- Études et développement informatique
- Administration de systèmes d'information
- Expertise et support technique en systèmes d'information
Métiers visés
Bioinformaticien / Bioinformaticienne en études, recherche et développement
Ingénieur d'étude dans un laboratoire de recherche public ou privé
Chef de projets / cadre scientifiques dans l'industrie pharmaceutique ou biotechnologique
Chef de projets dans le domaine des sciences de la vie, de la biologie structurale et de l'imagerie biomédicale
Data scientist
Ingénieur de développement d’applications informatiques
Responsable de plateforme technologique (exemple: microscopie, séquençage à haut débit...)
Cadre de recherche et développement
Stage
Stage en France
- Statut
- Stage obligatoire
- Durée du stage
- Stage obligatoire de 7 semaines en M1, stage obligatoire de 4 semaines en M2, stage obligatoire de 5 à 6 mois en M2.
- Période du stage
- M1 de mars-avril, M2 de novembre-décembre, M2 de janvier-juin.
Stage à l'étranger
- Statut
- Stage possible
- Durée du stage
- Les stages à l'étranger ont la même durée que ceux effectués en France.
- Période du stage
- Les périodes de stage en France et à l'étranger sont identiques.
Liste des stages
Démarche scientifique en Bioinformatique et bioimagerie structurale
- Durée du stage
- 7 semaines
- Période
- Stage réalisé en M1 dans la période mars-avril
- Description
Sous le contrôle d’un tuteur pédagogique, l'étudiant s’initiera au travail quotidien d’un chercheur en suivant les travaux d’une équipe de recherche. Un projet pédagogique simple avec des objectifs à court-terme lui sera proposé afin de se familiariser avec une méthode et/ou une technique parmi celle utilisées dans le domaine.
Préparation au stage S4
- Durée du stage
- Environ 4 semaines
- Période
- Stage à réaliser en M2 pendant la période novembre-décembre
- Description
Pendant une durée d'environ 4 semaines, l'étudiant intègre une équipe de recherche et participe, sous le contrôle d'un maître de stage, aux travaux de recherche de l'équipe. L’étudiant est amené à s’approprier l’état de l’art du sujet de son stage de S4 et à acquérir les connaissances bibliographiques nécessaires.
Stage S4
- Durée du stage
- 5 à 6 mois
- Période
- Le stage a lieu en M2 de janvier à juin.
- Description
Le stage S4, d'une durée de 5 à 6 mois, se déroule dans un laboratoire de recherche et consiste en une mise en situation professionnelle au cours de laquelle l'étudiant réalise un projet de recherche en Bioinformatique ou Bioimagerie structurale dans un environnement professionnel.
Programme des enseignements
Master 1 - Sciences du vivant - Bioinformatique et bioimagerie structurale (BBS)
Semestre 1 - Bioinformatique et bioimagerie structurale (BBS)
| CM | TD | TP | CI | |
|---|---|---|---|---|
| 6h | 14h | 9h | 8h | |
| 10h | - | 10h | 14h | |
| 22h | - | 9h | - | |
| - | - | - | - | |
| 15h | 15h | - | - | |
| - | - | - | - | |
| - | - | - | - | |
| 18h | - | 20h | - | |
Langues vivantes S13 ECTS
| - | - | - | - |
| - | 20h | - | - | |
| - | - | - | - | |
| - | - | - | - | |
Modélisation moléculaire3 ECTS
| - | - | - | - |
| - | - | - | - | |
| 8h | 6h | 14h | 8h |
Semestre 2 - Bioinformatique et bioimagerie structurale (BBS)
| CM | TD | TP | CI | |
|---|---|---|---|---|
| 14h | 14h | - | - | |
| - | 6,5h | - | - | |
| 14h | 8h | 8h | - | |
| 10h | - | 15h | 12h | |
| - | - | 10h | 16h | |
| - | 18h | 18h | - | |
| - | - | - | - | |
| - | - | - | - | |
| 12h | 19h | - | - |
Master 2 - Sciences du vivant - Bioinformatique et bioimagerie structurale (BBS)
Semestre 3 - Bioinformatique et bioimagerie structurale (BBS)
| CM | TD | TP | CI | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2h | 16h | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Projet tutoré en BBS3 ECTS
| - | 5h | - | 3h | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| - | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 11h | 6h | 12h | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 4h | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Omiques avancées3 ECTS
| 15h | 10h | 5h | 2h | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 12h | 6h | 6h | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| - | 4,5h | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Semestre 4 - Bioinformatique et bioimagerie structurale (BBS)
| CM | TD | TP | CI | |
|---|---|---|---|---|
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Lieu
Campus
- Campus historique
Contacts
- Responsable(s) de parcours
- Odile Lecompte : odile.lecompte@unistra.fr
- Vincent Cura : vincent.cura@unistra.fr
- Membres de l'équipe pédagogique
- Anne Friedrich : anne.friedrich@unistra.fr
- Mikhail Eltsov : eltsov@unistra.fr