UE
Génomique et génomique environnementale
Description
L’UE a pour objectif de présenter aux étudiant-e-s les projets génomes et métagénomes, avec leurs applications et limites. Elle devrait leur permettre d’être autonome dans la réalisation d’un tel projet depuis le choix de la stratégie de séquençage et du traitement des lectures jusqu’à l’interprétation.
Les cours dresseront un panorama des types de projets de génomique et métagénomique dans les différents domaines du Vivant et de leurs applications. Les stratégies de séquençage (lectures courtes, longues, mixtes), d’assemblage (par alignement sur un génome de référence et de novo) et de scaffolding seront présentées. Ensuite, les cours porteront sur l’architecture des génomes eucaryotes et procaryotes et leur annotation, avec la localisation des éléments génomiques (éléments répétés, gènes codant et non codants, pseudogènes), la prédiction de la fonction des gènes et l’intégration de ces annotations.
Les points communs et les différences entre la génomique et la génomique environnementale seront détaillés. Après une description succincte des points de vigilance lors de la préparation de l'ADN environnemental, les principales étapes et les outils nécessaire au traitement de données issues de la métagénomique et du métabarcoding seront décrits.
L’objectif des CI et TD (en salle de ressources informatiques) est de permettre aux étudiant-e-s de mettre en œuvre les approches vues en cours en analysant des jeux de données publiquement accessibles. Ces exercices pratiques porteront sur :
- Mapping de lectures sur un génome de référence
- Assemblage de novo d’un génome
- Annotation d’un génome procaryote (utilisation de Glimmer, tRNAscan…)
- Étude d’une région génomique eucaryote avec RepeatMasker, Ensembl…
- Analyse de données métagénomiques
Compétences requises
L'étudiant-e devra posséder des bases en analyse de séquences et être capable de travailler dans une interface de ligne de commande de type BASH.
Compétences visées
- Être capable d’utiliser différents environnements de travail et ressources (terminal, Galaxy, Ensembl…)
- Être capable de choisir une stratégie de séquençage adaptée à la problématique biologique
- Maitriser des programmes les plus couramment utilisés en génomique et génomique environnementale
- Être capable d’analyser des données NGS (des lectures jusqu’au génome annoté ou au métagénome)
Discipline(s)
- Biochimie et biologie moléculaire
Autres contacts
Anne Friedrich : afriedrich @ unistra.fr
Emilie Muller : emilie.muller @ unistra.fr