Epigénétique

Description

Cette unité d’enseignement propose un panorama actualisé des principaux mécanismes épigénétiques impliqués dans le contrôle de l’expression et dans le maintien de l’intégrité du génome eucaryotique.
Les thèmes suivants, axés principalement sur le modèle mammifère, seront abordés : 
•    Introduction à l’épigénétique : Épigénome et identité cellulaire.
•    Organisation et structure de la chromatine : Rôle des histones, états de la chromatine, exemple de l’inactivation du chr. X, remodelage de la chromatine et organisation 3D du génome et de la chromatine.
•    Méthylation de l’ADN : Distribution des 5mC, mécanismes de méthylation/déméthylation des cytosines, reconnaissance et fonction de la méthylation de l’ADN, dynamique de la méthylation de l’ADN lors du développement/différentiation cellulaire.
•    Modifications des histones : Les différentes modifications post-traductionnelles des histones, mécanismes d’établissement et d’effacement (méthylation et acétylation des lysines, ), variants d’histone, interconnexion ente les modifications, reconnaissance et rôle des principales modifications. 
•    La maintenance et transmission de l’épigénomes : Transmission intergénérationnelle et trans-générationnelle.
•    Les méthodes d’analyse associées aux différents états des épigénomes : Immunodétection (microscopie et western-blots), conversion bisulfite de l’ADN, ChIP-seq, Cut&Run, MNase-seq, ATAC-seq, C3, Hi-C…
•    Mécanismes épigénétiques permettant contrôle des transposons chez les mammifères : Méthylation de l’ADN, modification des histones, implication des petits ARNs (piRNAs/siRNAs), protéines à domaine KRAB.
•    Exemples de mécanismes épigénétiques impliqués dans des interactions hôte-pathogène : Modifications épigénétiques induites par des pathogènes viraux ou bactériens.

Compétences requises

Une bonne connaissance des mécanismes moléculaires lié à la transcription des gènes chez les eucaryotes est requise. 

Compétences visées

A l’issue de cet enseignement (CM), les étudiants devraient être en mesure : 
•    D'intégrer et décrire les différents mécanismes épigénétiques impliqués dans le contrôle du génome eucaryotique.
•    De saisir l’importance de l’épigénome pour l’établissement de l’identité cellulaire et pour le maintien de la stabilité du génome.
•    D'expliquer et discuter les approches expérimentales utilisées pour étudier l'épigénome.
•    De comprendre et d’analyser des résultats expérimentaux traitant de modifications épigénétiques.

Discipline(s)

• Biochimie et biologie moléculaire

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