Bioinformatique

Description

L’enseignement est consacré aux ressources et outils de base utilisés dans le traitement de lectures issues du séquençage nouvelle génération et dans l’analyse d’une famille de gènes ou de protéines. Il présente la structuration de l'information biologique (banques de séquences, ontologie) ainsi que les méthodes et programmes incontournables en analyse de séquences (comparaison deux à deux, recherche de similarité, alignement multiple). Une large place est accordée à la pratique en salle de ressources informatiques. Les étudiants sont amenés à choisir une ressource adaptée à une question biologique, à mesurer les limites des outils utilisés et à interpréter les résultats en mobilisant des connaissances pluridisciplinaires.

Compétences requises

• Comprendre la structuration de l’information biologique et être capable d’accéder à une information pertinente
• Etre capable de traiter les données brutes de séquençage nouvelle génération
• Comprendre les algorithmes majeurs utilisés en comparaison de séquences et être capable de choisir un outil adapté à une question biologique
• Maîtriser les outils et ressources bioinformatiques de base
• Etre capable d'interpréter les résultats d'une recherche de similarité et d’exploiter un alignement multiple
• Mettre en œuvre des connaissances et approches pluridisciplinaires

Bibliographie

• Supports de cours sur la plateforme moodle
• The NCBI Handbook. McEntyre J, Ostell J, editors. NCBI (accessible librement sur internet)
• Articles de revue mis à disposition des étudiants sur la plateforme moodle

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