Enjeux de la biologie à haut débit

Description

La biologie à haut débit et la génomique jouent un rôle fondamental dans la biologie actuelle et les nombreuses applications fondamentales et industrielles. Cet enseignement explique des modes de production de ces données et leurs mises en relation via les banques de données biologiques ainsi que les concepts et vocabulaires spécifiques.

- Obtention de données biologiques à haut débit - cas du séquençage (ADN, ARN) : quelles technologies et stratégies pour quelles applications et quels types de données (Sanger, NGS, nanopores, notions de -omics) ; accessibilité à ces technologies
- Les principales banques de données biologiques de références (Uniprot, Refseq, pubmed, GENE…): description, vocabulaire (ontologie, inférence, homologie …), contenus, interrogations, liens croisés
- Liens entre séquences, fonctions biologiques, voies métaboliques, phénotypes, description et utilisation d’outils bioinformatiques (alignements de séquences, annotation, prédiction de domaines …)
- Mise en application sous forme de travaux pratiques intégrés au cours, dans différents domaines : génétique (variants génétiques, médecine prédictive…), microbiologie (résistances, dépollution, identification de microorganismes présents dans les eaux…). Ces exemples d’applications feront le lien avec la chimie, les TP de microbiologie et l’actualité scientifique.
 

Compétences visées

- Connaître et utiliser correctement le vocabulaire et les données présents dans les banques de données
- Avoir un regard objectif/critique sur ces données
- Savoir choisir les bons outils et banques de données en fonction de son objectif et en comprendre les résultats générés
- Savoir structurer la démarche scientifique et trier les informations afin de gagner en autonomie
- Décloisonner les connaissances
 

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