Chemoinformatics 2

Description

Représentation de structures par ordinateur. Bases de données en chimie.

• Eléments de base de théorie de graphes. Tables de connexion et présentation linéaires.
• Chaînes SMILES et InChi. Empreintes moléculaires. Pharmacophores.
• Formats MOL, SDF, RXN et RDF
• Recherche structurale et sous-structurale. Analyse conformationnelle.
• Critères de similarité de Tanimoto, de Dice et de Tvetsky. Recherche par similarité simple et par une fusion de données
• Bases de données populaires : CAS (SciFinder), Reaxys, ChEMBL, PubChem, ZINC, ChemSpider
• Outils de ChemAxon pour analyser et manipuler de données chimiques et pour créer une base de données chimiques.
• Travaux pratiques avec les logiciels Marvin, Standardizer et InstantJChem (ChemAxon).

Compétences visées

• Créer et/ou de gérer des bases de données chimiques.
• Rechercher des structures dans une base de données en combinant différents types de requêtes(par structure/sous-structure/similarité entre autres).

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