BioInformatique

Description

L’enseignement vise à ce que l’étudiant sache s’approprier l’outil informatique pour :

• La recherche d’informations bibliographiques
• L’analyse de séquences d’acides nucléiques
• L’analyse de séquences protéiques
• L’analyse de structures tridimensionnelles de protéines
• L’analyse de données numériques issues d’expériences de laboratoire

En s’appuyant sur des exemples concrets et publiés, ainsi que sur d’autres savoirs techniques acquis parallèlement sur les technologies développées au laboratoire de recherche, l’étudiant s’appropria un certain nombre de raisonnements et de représentations abstraites lui permettant la conception d’expériences appliqués usuellement sur d’autres sujets de recherche et le tri et l’analyse critique des données disponibles sur les sites spécialisés de biologie. De ce fait, la présence de l’étudiant est recommandée.

Compétences visées

Maîtrise du site PubMed et des différentes fonctionnalités associées
Maîtrise des recherches associées aux sites expasy.org, lebibi.org, reversetranslate, Nebcutter, weblabviewer…
Maîtrise de l’analyse cartographique d’une séquence nucléotidique
Analyse de gènes, recherche de parents génétiques ou protéiques, recherche de séquences caractéristiques, alignements multiples et phylogénie de séquences, conception d’oligonucléotides pour le clonage, étude d’organisation spatiale de protéines, conception de protéines mutées,
Maîtrise avancée du tableur Excell ; organisation de données, étude statistique simple

Modalités d'organisation et de suivi

• Tout document utilisé en support est adressé via les adresses mail.
• Les cours reposent sur la participation des étudiants et à 40% de l’enseignement, ils sont appelés à prendre le poste informatique de l’enseignement et à commenter autant que possible les raisonnements utilisés pour les différentes analyses.
• Les documents de cours sont admis lors des contrôles continus et de l’examen final.
• Deux contrôles continus sont organisés au cours de l’enseignement et interviennent pour 50% de la note globale. Les notes sont connues dans un délai d’une semaine.
• Les corrigés des contrôles continus sont distribués et analysés le cas échant.
• 2 CC d’1h + un examen terminal de 2h. L’examen terminal intervient mi-novembre, une dizaine de jours après la dernière séance de TD.

Bibliographie

Il n’y a pas de bibliographie réellement associée. Les étudiants peuvent reproduire de manière individuelle les exercices traités en TD, et des exercices dits d’évaluation personnelle leurs sont proposés.

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