Chemoinformatics 4

Description

Méthodes d’apprentissage automatique. Similarité et diversité de molécules. Chimie combinatoire théorique. Notion de l’espace chimique

• Concept de l’espace chimique. Arbres de châssis moléculaires. Paires moléculaires correspondantes
• Méthodes de visualisation et d’analyse de données chimiques : cartes de Kohonen, cartes topographiques génératrices.
• Criblage virtuel. Filtres (les règles de Lipinski et autres) et alertes structurales. Docking d’un ligand dans une protéine. Fonctions de score. Evaluation des performances d’un criblage.
• Préparation de chimiothèques. Méthodes d’analyse de groupements d'objets chimiques : clustering hiérarchique et non-hiérarchique. Génération de chimiothèques combinatoires. Chimiothèques "ciblées" et "diversifiées".
• Travaux pratiques avec les logiciels ISIDA-GTM et LigandScout.

Compétences visées

• Analyser un jeu de données chimiques à l’aide des méthodes « Arbres de châssis moléculaires » et « Paires moléculaires correspondants ».
• Visualiser l’espace chimique d’un jeu de molécules en utilisant les cartes SOM ou GTM.
• Effectuer un criblage virtuel en utilisant les filtres, les pharmacophores, le docking.
• Préparer une chimiothèque ciblée ou diversifiée.

Contact