Infochimie

Description

L’étudiant est familiarisé avec trois techniques : la modélisation moléculaires, l’utilisation de bases de données et la chémoinformatique. Ces cours se situent dans la continuité des apprentissages de L1 et L2. Les techniques de modélisation seront donc approfondies, le travail sur les bases de données de structure inclura des fonctions avancées et la modélisation de relations structure propriété sera abordée.

Modélisation Moléculaire : les différents niveaux de modélisation seront illustrés (ab initio, DFT, semi-empiriques, modélisation moléculaire). Les équilibres conformationnels et barrières de potentiels seront discutés. L’étude d’état de transition illustrera la réactivité. Des quantités dérivés des modèles seront présentés : charges partielles, spectres, chaleurs de formation.
Bases de données : l’étude de la base de donnée cristallographique de Cambridge inclura des fonctions avancées (l’utilisation de listes d’atomes, la combinaison de requêtes, les contraintes géométriques et le traitement statistique des résultats).
Modélisation Chémoinformatique : une introduction à la modélisation des relations structures activité sera proposée illustrant les notions de données d’entraînement et de test, d’évaluation et d’optimisation d’un modèle et la recherche de point aberrant.
 

Compétences visées

• Préparer et exécuter un modèle moléculaire physique basé sur un champs de force ou sur une approche quantique.
• Choisir un niveau de modélisation adapté au problème scientifique posé.
• Analyser et interpréter les résultats d’un modèle moléculaire. Établir un lien entre les résultats de la modélisation moléculaire et des quantités expérimentalement vérifiables.
• Échantillonner des géométries. Estimer des équilibres entre différentes géométries d’une molécule.
• Tracer un diagramme énergétique.
• Tracer des orbitales moléculaires.
• Préparer, analyser et utiliser un modèle de relation structure-activité.
• Simuler des spectres RMN, IR et UV.
• Choisir un niveau de modélisation moléculaire adapté.
• Proposer un état de transition au cours d’une réaction chimique.
• Rechercher et analyser des données structurales collectées dans la base de de structures cristallographique de Cambridge.
• Préparer un modèle structure activité dans une situation standard.
• Apprécier les résultats d’une étude de relation structure propriété.

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